文档中心 科研模板 MODYLAS-mini
在这篇文章中:

    在jCloud上使用MODYLAS_MINI科研模板

    MODYLAS_MINI 用于分子动力学模拟。其官网地址为:
    https://hpci-aplfs.r-ccs.riken.jp/fiber/modylas-mini.html

    创建模板

    使用账号登录 jCloud,在左侧的菜单中单击“科研模板”标签,可以看到我们提供的所有科研模板。选择 modylas-mini。

    将鼠标移至 neutral 的图标上,点击“立即创建”,会出现“创建应用”的页面。在这里定义您的模板名称,集群节点数,每台云主机的登录密码,CPU 和内存的参数,硬盘的类型和大小,以及网络带宽和私有网络地址。

    在“我的科研应用”标签中,可以看到所创建模板的状态。

    等待状态变为“创建完成”,就可以使用

    查看云主机列表可以查看新生成的模板主机,查看路由列表可以查看绑定了浮动 IP 的路由器,模板的所有节点可以通过该 IP 与外网进行通信。

    使用

    可以在“科研应用“的”我的科研应用“列表中单击刚创建的应用名称查看详情,在详情的概览页面可以查看到远程访问主节点的方式。

    neutral 安装在 /opt 目录下,可以 ls 查看目录信息,其中 neutral.op3 是可执行文件。

    我们使用以下运行参数进行测试:

    1
    mpiexec -n 8 /opt/modylas-mini-1.0.0/src/modylas_mini /opt/modylas-mini-1.0.0/data/wat444/wat444

    执行命令后参考的输出结果为: