文档中心 科研模板 NGS-Analyzer-MINI
在这篇文章中：

    在jCloud上使用NGS-Analyzer-MINI科研模板

    NGS-Analyzer-MINI 基于基因组分析工具NGS Analyzer。NGS 分析仪可以高速分析下一代基因组测序仪产生的输出数据，并可以精确地识别人与人之间的遗传差异或癌细胞的突变。
    可以查看下面介绍了解更多信息：
    https://github.com/fiber-miniapp/ngsa-mini

    创建模板

    使用账号登录 jCloud，在左侧的菜单中单击“科研模板”标签，可以看到我们提供的所有科研模板。选择 NGS-Analyzer-MINI。

    将鼠标移至模板的图标上，点击“立即创建”，会出现“创建应用”的页面。在这里定义您的模板名称，集群节点数目，每台云主机的登录密码，CPU 和内存的参数，硬盘的类型和大小（实际环境硬盘建议配置至少100G），以及网络带宽和私有网络地址。

    在“我的科研应用”标签中，可以看到所创建模板的状态。

    等科研模板状态变成“创建完成”。

    查看云主机列表可以查看新生成的模板主机，查看路由列表可以查看绑定了浮动 IP 的路由器，模板的所有节点可以通过该 IP 与外网进行通信。

    使用

    在“科研应用“的”我的科研应用“列表中单击刚创建的应用名称查看详情，在概览页面可以查看到远程访问主节点的方式。

    工具安装在 /opt 目录下，包含如下子目录。

    先分割测试数据集，参考如下命令（假设使用两个核） 

    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    cd /opt/dataset/
    head -4000000 DRR000617.fastq/DRR000617.sra_1.fastq > sra_1.4000000
    head -4000000 DRR000617.fastq/DRR000617.sra_2.fastq > sra_2.4000000
    /opt/ngsa-mini/bin/read_split.py -f -n 250000 -p 'part_1.' -d rddir sra_1.4000000
    /opt/ngsa-mini/bin/read_split.py -f -n 250000 -p 'part_2.' -d rddir sra_2.4000000
    mkdir -p rankdir/0
    mkdir -p rankdir/1
    cp rddir/part_1.0 rankdir/0  
    cp rddir/part_2.0 rankdir/0  
    cp rddir/part_1.1 rankdir/0
    cp rddir/part_2.1 rankdir/0
    cp rddir/part_1.2 rankdir/1
    cp rddir/part_2.2 rankdir/1
    cp rddir/part_1.3 rankdir/1
    cp rddir/part_2.3 rankdir/1

    我们使用以下运行参数进行测试： 

    1
    2
    cd /opt/dataset 
    mpiexec -n 2 /opt/ngsa-mini/bin/workflow bwa_db/reference.fa seq_contig.md reference.fa reference.fa.fai rankdir

    执行命令后参考的输出结果为：

    更多详细参数配置可以参考：
    https://github.com/fiber-miniapp/ngsa-mini/blob/master/README.md